Realizó sus estudios profesionales en la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional Autónoma de México, donde se formó bajo la tutela de maestros de la talla de Manuel Toussaint, Francisco de la Maza y Edmundo O’Gorman. En dicha institución obtuvo el grado de maestra en Historia del Arte, con la tesis “Desarrollo del arte en México. Estudio sobre las portadas de los edificios religiosos de la Nueva España”. Posteriormente, accedió al doctorado también en Historia del Arte con la tesis “La iglesia de Santa Prisca de Taxco”.
Entre sus obras destacan, además de más de un centenar de artículos publicados en revistas académicas mexicanas y extranjeras, nueve libros cuya importancia ha sido muy reconocida. Sobresalen la edición de su tesis doctoral sobre la iglesia de Santa Prisca de Taxco, obra ejemplar entre los estudios del arte novohispano, y del trabajo que fue originalmente su tesis de maestría, Las portadas religiosas de la Nueva España, así como la obra en varios volúmenes, producto de la exhaustiva investigación que dirigió sobre las obras del pintor novohispano Juan Correa. Puede decirse que constituyen cuidadosos y ambiciosos catálogos razonados de las obras que estudia.
Durante su larga trayectoria académica participó en coloquios y congresos en México y el extranjero. Ha sido curadora de importantes exposiciones como Parábola novohispana, Imágenes de los naturales de la Nueva España y Pintores y pintura de la Maravilla Americana. Entre los reconocimientos recibidos por la doctora Vargaslugo pueden mencionarse el nombramiento de investigadora emérita del Instituto de Investigaciones Estéticas, el Premio Nacional de Ciencias y Artes 2005, en el área de Historia, Ciencias Sociales y Filosofía, el Premio Universidad Nacional de Docencia en Humanidades, el doctorado Honoris Causa por la UNAM y el doctorado Honoris Causa por la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo.