En 2007 la Dirección vio la necesidad de concentrar en un solo espacio tanto la memoria documental histórica del Instituto, como las donaciones que se hicieron en su momento de colecciones y archivos de personalidades altamente reconocidas en la investigación, docencia y difusión de la Historia del Arte, los archivos estaban dispersos, unos se encontraban en el archivo de concentración y otros en la biblioteca. De ahí el interés de crear un espacio para el Archivo Histórico del Instituto, con el fin de reunir en un sólo lugar el Acervo Documental Histórico.
En el Archivo Histórico se desarrollan actividades de organización, conservación, descripción y difusión, del acervo documental, que se realizan con base a normas y técnicas archivísticas internacionales, esto garantiza una buena clasificación, descripción y permanencia de los mismos. Al revisar las colecciones que resguarda el Instituto, se observó que las condiciones no eran las adecuadas, para su conservación. Se hizo necesario estabilizar los documentos mediante una limpieza profunda y la colocación en guardas (papel libre de ácido) de primer y segundo nivel (cajas de polipropileno). El Archivo Histórico quedó ubicado en el área de Investigación Documental, una vez climatizada ésta, se podrá dar servicio al público.
El Archivo Histórico del Instituto resguarda la documentación administrativa generada por el "Laboratorio de Arte", antecedente inmediato del Instituto, así como las diferentes colecciones de: Manuel Toussaint, Francisco de la Maza, Abelardo Carrillo y Gariel, Erásto Cortés Juárez; "Vida Cultural" de Justino Fernández; y los fondos documentales de Beatríz de la Fuente y Salvador Moreno.