El acervo del Archivo Fotográfico Manuel Toussaint se divide en:
1. Fondo de transparencias
Su apartado más numeroso, destinado esencialmente a la docencia e investigación del arte mexicano, aunque también existen series de imágenes dedicadas al arte latinoamericano y universal.
2. Fondo de positivos y negativos blanco y negro
Formado sobre todo con negativos en formato 35 mm. En su momento, los materiales que componen esta sección se destinaron a ilustrar las primeras publicaciones realizadas por el Instituto de Investigaciones Estéticas
3. Fondos de autor
Agrupa los fondos de fotógrafos tan importantes como: Enrique Bordes Mangel, Saúl Molina-Construcción de Ciudad Universitaria, Vicente Cortés Sotelo, Helen Escobedo–Paolo Gori, Juan Guzmán, Guillermo Kahlo, José María Lupercio, Luis Márquez Romay, Julio Michaud, Tina Modotti, Arturo Pani Arteaga, José Verde Orive y Michel Zabé.
4. Fondos de Historiadores del Arte
Están formados por documentos reunidos por Historiadores del Arte. Los fondos son: Abelardo Carrillo y Gariel, Justino Fernández, Raúl Flores Guerrero, Beatriz de la Fuente, Paul Gendrop, Manuel González Galván, Francisco de la Maza, Salvador Toscano, Manuel Toussaint y Grabados Coloniales y del siglo XIX de Manuel Toussaint.
5. Proyectos del Instituto de Investigaciones Estéticas
Materiales fotográficos creados en apoyo a la Investigación: Imágenes de publicaciones del IIE, Proyecto Pintura Mural Prehispánica y Exposiciones del AFMT.
6. Fotografía Antigua
Los soportes y técnicas fotográficas más antiguas que resguarda el Archivo: artistas de Teatro y Stills Cinematográficos, diapositivas sobre vidrio y serie de origen.
7. Fondo digital
El fondo más reciente a partir de los registros realizados con cámara digital.